各位员工、研究生：
信息中心已联系试用晶泰科技系列生物医药软件及数据库，包括：
1）FEP计算软件XFEP
2）XMolGen多功能分子设计软件
3）PatSight专利抓取工具
4）XInsight成药性数据平台
本次试用机会难得，欢迎大家积极申请试用，并在试用后给予反馈。谢谢！
资源网址：
1）访问XFEP、XMolGen，请下载ID4Inno软件，下载链接：
Windows: https://xdd-platform-static.xtalpi.xyz/ID4/Enterprise/publish/download.html?platform=win
Linux: https://xdd-platform-static.xtalpi.xyz/ID4/Enterprise/publish/download.html?platform=linux
Mac: https://xdd-platform-static.xtalpi.xyz/ID4/Enterprise/publish/download.html?platform=mac
2）PatSight专利抓取工具网址：https://patent.xinsight-ai.com/
3）XInsight成药性数据平台网址：https://community.xinsight-ai.com/
访问方式：个人试用账号密码登录。如需试用，请扫描下方二维码提交试用申请。填写申请表后，几个数据库一起开通试用。
试用期限：
XFEP、XMolGen可试用截至2024年10月22日（到期后仍有需求，可以申请延期）。
PatSight和XInsight可试用截至2024年12月31日。
说明：XFEP、XMolGen可提供包含200个XUnit的分子对接以及2000个XUnit的XFEP的用量（大约5万个分子对接，100对RBFE）。
资源简介：
晶泰科技是一家以人工智能（AI）和机器人驱动的创新研发平台公司。2015年由三位MIT的博士后物理学家创立，致力于实现生命科学和新材料领域的数字化和智能化革新。公司基于量子物理、人工智能、云计算及大规模实验机器人集群等前沿技术与能力，为全球生物医药、化工、新能源、新材料等产业提供创新研发技术、服务及产品。
一、FEP计算软件XFEP
XFEP是晶泰自主研发的FEP（Free Energy Perturbation，自由能微扰计算）计算软件。它通过图形化用户界面显著降低了用户使用FEP技术的门槛，且结合了并行计算、GPU加速和云计算调度系统，显著提高了计算效率。晶泰在传统的相对结合自由能(RBFE)和绝对结合自由能(ABFE)计算的基础上，开发了适用于多肽、大环化合物、共价药物和蛋白质突变分析的FEP方法，进一步扩展了FEP技术在共价药物设计、大分子药物设计、药物分子选择性和耐药性预测等领域的应用。XFEP内置了晶泰独立开发的高精度力场，并整合了多种增强采样技术，以提高计算的准确性和适用性。作为一款多功能软件，XFEP不仅支持包括RBFE计算(如R基替换和Topology Change)、ABFE计算、GBSA计算、共价FEP计算、蛋白残基突变分析等多种FEP计算场景，还提供了结果分析、可视化工具、项目管理和任务状态监控等功能。
产品手册见：https://xtalpi.feishu.cn/docx/MoYNdTCvoouz6QxZFeuco8fQn4b。
二、XMolGen多功能分子设计软件
XMolGen目前集成于ID4Idea™平台，是一款多功能分子设计软件。它不仅能够生成新分子，还包括分子筛选、分子对接以及对商业化合物库进行高效查询等一系列强大的功能。分子生成方面支持基于配体的R基替换、骨架替换和基于受体结合口袋的分子生成方法，并集成了多种算法，如逆合成、片段拼接、等排体替换和AI系列算法。在分子筛选方面，软件提供了排序、打分、子结构搜索、骨架聚类等功能，并可以调用DataWarrior工具，能处理20万以内的分子生成结果。同时该软件包含了数据库查询功能允许用户基于子结构和相似度检索商业分子库和砌块分子库。
产品手册见：https://xtalpi.feishu.cn/docx/QGqqdQOT1oS2WAx8ItWc41FsnKd。
三、PatSight专利抓取工具
PatSight是一款晶泰自主研发的专利数据提取工具，它集成了AI大语言模型与OCR、表解析、分子图识别等小模型技术，研究人员只需在平台上传文献文件，相关小模型能够精确地识别文档中的关键信息，并将其转换为与大语言模型兼容的数据格式，为科研人员提供快速、全面的分析结果。与传统方法相比，这大大简化了操作流程，并显著提高了科学文献数据分析的效率和质量。PatSight通过对文献中的文字、表格、图片高通量及结构化解析，将海量的数据挖掘出来为科学家所用，甚至延伸到AI训练、知识产权等更多方面，让高价值数据有了更多的应用场景和想象空间。
近期新增功能如下：
1.增强的专利文本解析能力：引入算法，能够识别并匹配专利文档中的实施例结构，包括非表格格式的专利文档（例如：名称位于结构上方的情况或者合成路径中名称在结构下方的情况）；
2.中间体识别提升：增强了对专利文档中中间体的识别能力，并为识别出的中间体添加了标签，以便能更轻松地追踪和分析；
3.界面优化：对用户界面进行了升级，使得数据分类更加直观和清晰，帮助更快地找到所需信息。
使用场景：
●自动化提取所上传文献&专利的化合物编号、结构、Assay信息、活性值
●当前支持识别实施例结构在表格中展示的专利类型
●对识别后的结构活性数据导入MoIVally进行SAR分析
产品手册见：https://docs.qq.com/doc/p/d50665d5fa60b61ab255b048b0f4496c387940d1。
四、XInsight成药性数据平台
XInsight成药性数据平台通过关键词或分子结构检索查找相关文献，帮助用户精准定位所需文献或者专利同时，可以提供优化分子成药性质的改构策略。目前收录了20w+篇涉及药物动力学（ADMET）数据的专利和文献，200w+分子和1000w+数据。文献数量目前在不断扩充中。
上述软件数据库平台使用简介及案例介绍见附件1。
使用资源时请自觉遵守相关法律法规，尊重知识产权，合理使用。如有问题请联系陆老师，xkzx@simm.ac.cn。
中国科学院上海药物研究所信息中心
2024年8月27日
